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　　嬰兒一出生，首次暴露在微生物中之后，生命就開始受到無休止的圍攻。各種細(xì)菌、病毒和真菌將它們的殖民地開拓進(jìn)入類的皮膚、眼睛、肺、胃腸道等每一處暴露的器官。瑞爾曼說：“在面對病原體時，我們必須克服‘一種細(xì)菌一種病’的整體一維視角，菌群才是研究單位。”
　　人類細(xì)胞和他們的微生物搭檔作為一種互相促進(jìn)的“超級有機(jī)體”，各自都為對方提供了服務(wù)。美國國家衛(wèi)生研究院2007年末開始了一項為期5年的人類微生物組計劃(HMP)，致力于給人類龐大的微生物組測序。項目主管麗塔?普羅科特說：“要真正理解我們作為一個有機(jī)體的功能，需要包括人體的整個微生物群落，它們與我們的健康和生命息息相關(guān)，工作量比人類基因組還要大100倍。”今年研究人員完成了取自人體不同部位的178種微生物基因組的測序和分析，發(fā)現(xiàn)其基因編碼含有超過3萬種蛋白質(zhì)。
　　盡管生態(tài)微生物學(xué)提供了一個框架來理解人類微生物群落，但它的所有方法和原則，離臨床應(yīng)用都還有一定距離。即使研究人員找到了某種細(xì)菌和某種疾病之間的確切聯(lián)系，也沒辦法通過清除一種細(xì)菌或引入另一種細(xì)菌的方法來控制細(xì)菌群落?？股貎A向于殺死相關(guān)的細(xì)菌，而不能殺死一個菌群，更無法產(chǎn)生菌群或移植它們。