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生命或許可以模擬

2012-08-03 10:37 閱讀:1469 來源:科技日報 責任編輯:申瓊鶴
[導讀] 據(jù)英國《每日電訊報》7月31日報道,美國斯坦福大學的科學家和素有科學怪才之稱的克雷格文特爾領導的科研小組在《細胞》雜志上撰文指出,他們首次利用計算機制造出了虛擬細菌,其能模擬微生物的生命軌跡和一舉一動??茖W家們表示,最新突破或許有助于改進入類

    據(jù)英國《每日電訊報》7月31日報道,美國斯坦福大學的科學家和素有“科學怪才”之稱的克雷格·文特爾領導的科研小組在《細胞》雜志上撰文指出,他們首次利用計算機制造出了“虛擬細菌”,其能模擬微生物的生命軌跡和一舉一動。科學家們表示,最新突破或許有助于改進入類對疾病的理解并為疾病找到新的療法。

    《每日電訊報》在報道中指出,生物學和計算機科學的聯(lián)姻讓科學家們能借用計算機腳本模擬生命,這將讓人類大大受益,并有助于回答人類最大也最基本的問題“生命是什么?”。

    “代碼腳本”首次讓生物和計算機“聯(lián)姻”

    自古以來,當兩種不同的科學思維碰撞在一起時,都會激起人們靈感的火花,讓人類做出更重大的科學突破,分子生物學的誕生就是如此。上世紀50年代中葉,研究遺傳學的生物學家開始同使用X射線研究物質原子結構的物理學家們合作,這場“聯(lián)姻”讓人類首次看到了DNA優(yōu)雅的雙螺旋結構,分子生物學(在分子水平上研究生命現(xiàn)象的科學,主要通過研究核酸、蛋白質等生物大分子的結構、功能和生物合成等方面來闡明各種生命現(xiàn)象的本質,研究內容包括光合作用、癌癥的發(fā)生等各種生命過程)這門新興學科也在1953年順勢興起,將對人類自身和疾病的研究推到更高的層次。

    無獨有偶,另外兩門科學也在慢慢靠近并相互結合。其中一個科學領域是生物學,主要專注于研究DNA指令,正是這些指令決定了活體生物是如何建立起來以及如何運轉的;另一個領域計算機科學則專注于研究操作計算機運行的代碼。

    備受爭議的基因組研究先鋒、美國生物學家克雷格·文特爾目前是讓這兩門科學“聯(lián)姻”的積極推手,其實,奧地利的量子力學天才埃爾溫·薛定諤早在1943年提出的“代碼腳本”這一概念正是生物學和計算機科學結合的雛形。

    薛定諤于1943年發(fā)表了一場具有里程碑意義的演講,在那場演講中,薛定諤提出了一個天才性的問題:生命是什么?薛定諤問道:一個受精卵如何能獲得“一些包含了該生物未來所有發(fā)育信息的代碼腳本。”為了回答這個問題,薛定諤提出,染色體就像“非周期性(大分子)晶體”一樣,是一種由同分異構元素連續(xù)組成的非周期晶體,構成其的原子具有一個復雜的非重復性的模式;他也描述了該大分子內“原子排列有序的結合”像摩斯代碼中的劃線和點一樣,擁有建立微生物的指令。

    這是科學家們首次對遺傳代碼進行嚴肅的討論,盡管與很多同齡人一樣,薛定諤也曾錯誤地認為,遺傳代碼被寫入蛋白質而非核酸中。然而,基于他1943年的演講而撰寫的《生命是什么》這本書卻給了很多人靈感。其中包括DNA研究領域的開創(chuàng)者、DNA雙螺旋結構的發(fā)現(xiàn)者之一吉姆·沃森和文特爾。文特爾在演講中表示:“薛定諤的‘代碼腳本’為未來的很多發(fā)現(xiàn)指明了方向。”

    用計算機腳本模擬細菌

    現(xiàn)在,文特爾正在撰寫他自己的代碼腳本——使用計算機設計基因組。他說:“我們正在嘗試利用計算機,使用遺傳代碼合成出基因組,讓計算機科學和生物學完美地聯(lián)姻。”

    實際上,計算機不僅能模擬生命,也能模擬活著的細胞。幾天前,為了幫助人類理解一個細胞的復雜性,斯坦福大學的馬庫斯·卡沃特領導的科研團隊與文特爾的研究機構攜手合作,制造出了虛擬的生殖支原體細菌,并再現(xiàn)了該細菌的整個生命循環(huán)過程。該細菌是所有細菌中最簡單的一種,它擁有已知的活體生物中最小的基因組,并且是第二種被排序的非共生微生物。1995年,文特爾對其基因組進行了排序。

    生殖支原體細菌目前已經(jīng)成為首個被詳細建模的微生物,科學家們使用128臺計算機,模擬出了其525個基因中每一個基因的詳細情況,也在分子層面繪制出了該細菌從DNA到RNA再到名為代謝物的小分子的情況。

    科學家們表示,虛擬細胞和虛擬細菌將幫助他們厘清生命和疾病的本質。當人們談論某個“癌癥基因”時,其意思是,他們發(fā)現(xiàn)了一個基因,當該基因出故障時,會引發(fā)癌癥。但是,當人們詳細研究一個癌細胞時就會發(fā)現(xiàn),體內2.3萬個基因中的大部分基因都會受到影響,模擬基因組的整個工作情況,對于理解造成疾病的遺傳原因至關重要。

    文特爾表示,用計算機來模擬生命、設計生命并“再現(xiàn)生命”,標志著科學研究將跨入一個新領域,借此,人類會比以往更接近“生命是什么”這一終極問題的答案。


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