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全基因組測序發(fā)現(xiàn)自閉癥遺傳基礎復雜

2015-01-28 11:19 閱讀:1339 來源:醫(yī)學論壇網(wǎng) 作者:老* 責任編輯:老者
[導讀] 由自閉癥研究機構Autism Speaks資助、有史以來規(guī)模最大的自閉癥基因組研究表明,這種疾病的遺傳學基礎甚至比我們以前認為的更為復雜:大多數(shù)患有自閉癥譜系障礙(ASD)的兄弟姐妹,有著不同的自閉癥相關基因。

    由自閉癥研究機構Autism Speaks資助、有史以來規(guī)模最大的自閉癥基因組研究表明,這種疾病的遺傳學基礎甚至比我們以前認為的更為復雜:大多數(shù)患有自閉癥譜系障礙(ASD)的兄弟姐妹,有著不同的自閉癥相關基因。這項研究由Autism Speaks MSSNG項目主任帶領,以封面文章的形式發(fā)表在1月26日的《自然醫(yī)學》(Nature Medicine)。

    同時,這項研究的數(shù)據(jù)成為Google Cloud Platform 上Autism Speaks MSSNG門戶第一次上傳的大約1000個自閉癥基因組的一部分。Autism Speaks正在使已識別的數(shù)據(jù)為全球研究公開可用,以加速我們對自閉癥的了解和個性化治療的發(fā)展。

    本研究負責人Stephen Scherer說:“這是歷史性的一天,它首次標志著自閉癥全基因組序列可供MSSNG開放科學數(shù)據(jù)庫的研究使用。這是未來開放獲取基因組將帶來許多發(fā)育和醫(yī)學疾病個性化治療的范例。除了領先的Autism Speaks' MSSNG program,Scherer還指導多倫多兒童醫(yī)院應用基因組中心和多倫多大學McLaughlin中心的相關研究。”

    本文共同作者、Autism Speaks 首席科學官Robert Ring說:“通過使用計算機云,使數(shù)據(jù)像這樣供世界各地的研究人員公開訪問,我們正在以一種以前沒用過的方式,打破壁壘。一直以來,我們Autism Speaks的目標是,加速科學發(fā)現(xiàn),最終提高世界各地自閉癥患者的個人生活質量。”

    總的來說,MSSNG project旨在使10,000個自閉癥基因供科學研究使用,作為一種最先進工具的“工具箱”來幫助分析。

    自閉癥驚人的多樣性

    在這項新研究中,Scherer博士的研究小組在85個家庭中測定了340個全基因組,每個家庭都有受自閉癥影響的兒童。大部分兄弟姐妹在已知引起自閉癥的基因變異上沒有重疊。他們發(fā)現(xiàn),共有相同自閉癥相關基因變化的同胞對數(shù)還不到三分之一(31%)。

    這些研究結果對長期持有的假設提出了挑戰(zhàn)。因為自閉癥常常是家族性的,專家們認為,患有該疾病的兄弟姐妹從其父母那里遺傳了相同的自閉癥易感基因?,F(xiàn)在看來,這可能不是真的。Scherer博士說:“我們知道,自閉癥有很多差異,但是我們最近的研究結果堅定地明確了這一點。我們相信,每一個自閉癥患兒都像一片雪花,是獨一無二的。”

    Scherer博士補充說:“這意味著,我們不應該只尋找疑似自閉癥風險基因,這通常是在基因診斷檢測中完成的。確定如何最好地使用個性化自閉癥治療中的遺傳因素知識,就需要全面評估每一個人的基因組。”全基因組測序遠遠超過了傳統(tǒng)的遺傳測試,來分析一個人完整的DNA序列。

    在參與研究的42%的家庭中,發(fā)現(xiàn)了已知的自閉癥風險基因。Scherer博士說:“這可能有助于解釋為什么自閉癥出現(xiàn)在他們的孩子當中,或者為相關醫(yī)學疾病提供了新的見解。”在2013年一項試點基因組測序研究中,Scherer博士的研究小組在超過32%的受試家庭中發(fā)現(xiàn)了自閉癥相關基因。這項研究為一些家庭提供了重要的醫(yī)學信息。

    原文摘要:

    Whole-genome sequencing of quartet families with autism spectrum disorder

    Abstract: Autism spectrum disorder (ASD) is genetically heterogeneous, with evidence for hundreds of susceptibility loci. Previous microarray and exome-sequencing studies have examined portions of the genome in simplex families (parents and one ASD-affected child) having presumed sporadic forms of the disorder. We used whole-genome sequencing (WGS) of 85 quartet families (parents and two ASD-affected siblings), consisting of 170 individuals with ASD, to generate a comprehensive data resource encompassing all classes of genetic variation (including noncoding variants) and accompanying phenotypes, in apparently familial forms of ASD. By examining de novo and rare inherited single-nucleotide and structural variations in genes previously reported to be associated with ASD or other neurodevelopmental disorders, we found that some (69.4%) of the affected siblings carried different ASD-relevant mutations. These siblings with discordant mutations tended to demonstrate more clinical variability than those who shared a risk variant. Our study emphasizes that substantial genetic heterogeneity exists in ASD, necessitating the use of WGS to delineate all genic and non-genic susceptibility variants in research and in clinical diagnostics.


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