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研究發(fā)現(xiàn)丙肝肝硬化患者肝癌病變的潛在生物標志物

2013-11-14 10:30 閱讀:1899 來源:國際肝病 責任編輯:李思杰
[導讀] 美國DanielMaluf等通過肝硬化組織(非HCC)表觀遺傳學,基因表達和蛋白質組學的整合研究方法對與HCC發(fā)生相關的早期事件進行了研究。 該研究對76份肝組織活檢標本進行了檢測,包括正常組(n=20)、HCV肝硬化不伴肝癌組(woHCC=16)和伴肝癌組(wHCC=20)、肝

    美國DanielMaluf等通過肝硬化組織(非HCC)表觀遺傳學,基因表達和蛋白質組學的整合研究方法對與肝硬化組織發(fā)生相關的早期事件進行了研究。
 


    該研究對76份肝組織活檢標本進行了檢測,包括正常組(n=20)、丙肝肝硬化不伴肝癌組(wo肝細胞肝癌=16)和伴肝癌組(w肝細胞肝癌=20)、肝癌組(腫瘤組織n=20)以及20份血漿標本(wo肝細胞肝癌=10,w肝細胞肝癌=10)。研究者提取了標本DNA和總RNA,分別用于IlluminaGoldenGateMethylationBeadArrayCancerPanelI和基因表達微陣列雜交;通過LC-MS/MS進行蛋白質組學分析;采用兩樣本t檢驗分析基因表達和甲基化的比較(w肝細胞肝癌與wo肝細胞肝癌);通過使用控制FDR<0.2的q值方法計算錯誤發(fā)現(xiàn)率來調整P值進行多重比較,P<0.01為有統(tǒng)計學意義;使用Spearman秩相關進行甲基化/基因表達的比較;使用IPA工具進行本體論和通路分析。

    研究發(fā)現(xiàn)各組間人口統(tǒng)計學和臨床參數(shù)無顯著性差異。通過對正常、丙肝肝硬化以及肝細胞肝癌標本分析,研究者共鑒定出501個CpG位點甲基化有顯著差異(235個高甲基化,266個低甲基化)。抑癌基因啟動子區(qū)域的30個高甲基化CpG位點與肝細胞肝癌發(fā)生相關。甲基化水平最高的10個基因中,ESR1、MFAP4和HOXB13差異最顯著。ESR1基因的甲基化百分比與基因表達水平(-0.50)的負相關性最強。參與肝細胞肝癌發(fā)生的幾個基因DNA甲基化和表達率(CDNK2A、FLT1、HGF、HPSE、MGMT、PDGFRB和PYC**)也有顯著負相關趨勢,表明在丙肝肝硬化伴發(fā)肝癌中下調。通路和表達趨勢分析顯示這些基因與癌癥和惡性腫瘤的發(fā)生、肝排毒、肝纖維化/瘢痕修復有關。蛋白質組學整合分析發(fā)現(xiàn),ESR1是調節(jié)肝細胞肝癌相關血漿蛋白顯著性差異化表達的最強信號分子。標志物使用methyLight檢測進行驗證。

    該研究表明,表觀遺傳/轉錄組/蛋白質組的整合數(shù)據(jù)可提供影響丙型肝炎肝硬化組織發(fā)生肝細胞肝癌的關鍵分子通路。此外,不同的DNA甲基化模式可作為監(jiān)測高風險丙型肝炎肝硬化患者發(fā)生肝癌的潛在生物標志物。T1期肝細胞肝癌腫瘤生長至T2期,


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