今天,深圳華大基因研究院稱,由他們和德國(guó)漢堡大學(xué)醫(yī)學(xué)院、中國(guó)疾病預(yù)防與控制中心及軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院微生物流行病研究所聯(lián)合研究揭示,德國(guó)疫情是由一種新型具有超級(jí)毒性的大腸桿菌引起的,該新型菌株攜帶多種耐抗生素的特異基因,致使其難以治療。
據(jù)德國(guó)衛(wèi)計(jì)委公布的數(shù)據(jù),這場(chǎng)大腸桿菌疫情至今已導(dǎo)致17人喪生,歐洲已有超過(guò)千人受到感染,并且疫情有可能會(huì)進(jìn)一步惡化。
德國(guó)大腸桿菌疫情暴發(fā)之后,華大基因立即建立聯(lián)系開(kāi)展合作,自發(fā)地加入到這場(chǎng)疾病的研究中,成立專門研究小組對(duì)該細(xì)菌進(jìn)行測(cè)序和生物信息學(xué)分析,以便盡快尋找到致病機(jī)理,研發(fā)有針對(duì)性的治療措施并有效地控制疫情的蔓延。在獲得病毒樣本后三天的時(shí)間內(nèi),華大基因完成了對(duì)該新型大腸桿菌的基因組測(cè)序。經(jīng)過(guò)初步信息分析,發(fā)現(xiàn)該菌株是一種新的兼具侵襲、產(chǎn)毒、腸出血等特征的大腸桿菌。
華大基因利用第三代測(cè)序儀——Ion Torrent進(jìn)行了該大腸桿菌的全基因組測(cè)序,初步組裝結(jié)果預(yù)測(cè)的菌株基因組大小為5.2Mb。通過(guò)對(duì)序列的分析發(fā)現(xiàn)該菌株屬于血清型O104,但O104型大腸桿菌以前未見(jiàn)引起人類感染大規(guī)模暴發(fā)的報(bào)道。通過(guò)進(jìn)一步比對(duì)分析發(fā)現(xiàn)該菌株與2002年從中非艾滋病患者腹瀉標(biāo)本中分離的腸侵襲性大腸桿菌55989菌株的同源性超過(guò)93%。根據(jù)對(duì)基因序列的分析結(jié)果顯示,導(dǎo)致疫情暴發(fā)的菌株通過(guò)基因水平轉(zhuǎn)移獲得了腸出血性大腸桿菌的毒力基因和毒力相關(guān)質(zhì)粒,可能與該菌株強(qiáng)毒性和重癥感染有關(guān)。研究還發(fā)現(xiàn),該菌株攜帶氨基糖甙類、大環(huán)內(nèi)酯類、磺胺類等抗生素的耐藥基因,導(dǎo)致抗生素治療無(wú)效。科學(xué)家們還將進(jìn)一步分析這些毒力相關(guān)基因的完整性和表達(dá)情況,及耐藥和毒力基因水平轉(zhuǎn)移機(jī)制,并在更多暴發(fā)菌株中進(jìn)行驗(yàn)證。
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